L’essentiel
- Le doublement des dépenses de personnel des jeunes docteurs exigeait un CDI, donc un lien de subordination.
- La cour administrative d’appel l’a refusé à un président actionnaire majoritaire, signataire de son propre contrat de travail.
- L’absence de pouvoir de sanction d’un comité scientifique ne suffit pas à établir la subordination.
- Pour 2020, la société avait déclaré 126 525 € de CIR et l’administration n’en a admis que 30 758 €.
- L’article 55 de la loi de finances pour 2025 a supprimé ce doublement.
Le CIR jeune docteur suppose un véritable contrat de travail, donc un lien de subordination entre le chercheur et l’entreprise. Dans l’affaire jugée, le fondateur, président et actionnaire majoritaire de la société ne pouvait pas remplir cette condition 1.
CIR jeune docteur : le doublement des dépenses de personnel
Le crédit d’impôt recherche (CIR) permet aux entreprises de déduire de leur impôt un pourcentage des dépenses de recherche exposées dans l’année. Il est prévu par l’article 244 quater B du CGI 2.
Parmi les dépenses éligibles, le b) du II de cet article vise les dépenses de personnel des chercheurs et techniciens de recherche. Ils doivent être directement et exclusivement affectés aux opérations de recherche.
Le dispositif « jeunes docteurs » renforçait cette incitation. Il visait les titulaires d’un doctorat au sens de l’article L. 612-7 du code de l’éducation 3.
Leurs dépenses de personnel étaient prises en compte pour le double de leur montant. Ce doublement durait vingt-quatre mois à compter du premier recrutement.
Deux conditions cumulatives
Ce doublement des dépenses de personnel dépendait de deux conditions cumulatives :
- le contrat de travail du docteur devait être à durée indéterminée (CDI) ;
- l’effectif du personnel de recherche salarié de l’entreprise ne devait pas être inférieur à celui de l’année précédente.
L’exigence d’un CDI traduit l’objectif d’encourager le recrutement durable de docteurs, ce qui exclut le simple recours ponctuel à leurs compétences scientifiques.
Ce doublement a depuis été supprimé : voir la mise à jour en fin d’article. L’affaire jugée concerne l’année 2020, où il existait encore.
Un président qui s’est recruté lui-même comme directeur de recherche
La SAS E, spécialisée dans les services d’analyse et de contrôle de la qualité de l’eau, a été constituée le 19 avril 2019. M. A, titulaire d’un doctorat, en est dès l’origine le président et l’actionnaire majoritaire.
Il exerçait aussi des activités de recherche et développement dans l’entreprise, qui l’a déclaré comme « directeur de la recherche et développement ».
Son CDI de directeur de recherche n’a été formalisé par écrit que le 10 septembre 2022, plus de deux ans après le début de l’année en litige (2020). M. A l’a conclu en tant que président de la société, avec lui-même en tant que directeur de recherche.
La société soutient malgré tout qu’un contrat de travail verbal à durée indéterminée existait dès 2020.
Du CIR déclaré au CIR admis : 126 525 € contre 30 758 €
En mai 2021, la SAS E a déclaré un CIR de 126 525 € au titre de 2020. L’administration n’a admis que 30 758 €.
Elle a refusé le doublement « jeunes docteurs ». Elle a aussi limité à 53 000 €, montant d’une prime spécifique, les dépenses de personnel de recherche de M. A éligibles au CIR.
Le 4 juillet 2023, le tribunal administratif de Versailles a donné partiellement raison à la société. Il lui a accordé le doublement sur la base de la prime de 53 000 €.
Il a en revanche rejeté sa demande de porter l’assiette éligible à 112 528 €, soit la totalité des salaires 2020 de M. A.
Ce que chaque partie soutient devant la cour administrative d’appel
Le ministre a fait appel pour obtenir l’annulation du doublement. Le liquidateur judiciaire de la société, la SELARL MJC2A, a formé un appel incident. La SAS E avait entre-temps été placée en liquidation judiciaire.
Selon le ministre, M. A ne pouvait pas être salarié au sens de l’article 244 quater B, II, b du CGI. Il n’avait ni CDI formalisé ni lien de subordination avec la société qu’il présidait et dont il était l’actionnaire majoritaire.
Le ministre ajoute que seule la prime de 53 000 €, augmentée des cotisations sociales, a rémunéré les travaux de recherche de M. A en 2020. Il s’appuie sur le procès-verbal de l’assemblée générale extraordinaire du 21 janvier 2021.
La réponse du liquidateur
Le liquidateur conteste ces deux points. Pour le doublement, il invoque un contrat verbal à durée indéterminée et la doctrine du BOFiP (BOI-BIC-RICI-10-10-20-20) 4.
Pour l’assiette, il produit un tableau de temps passé. M. A aurait consacré 1 655 heures sur 1 799 heures travaillées à la recherche en 2020, soit près de 92 % de son temps.
Il en déduit que la rémunération de M. A doit être prise en compte en proportion et demande d’élargir l’assiette à 75 863 €.
La décision sur le CIR jeune docteur : sans subordination, pas de doublement
La cour administrative d’appel censure la position des juges du fond, qui avaient accordé le doublement des dépenses de jeunes docteurs. Elle rappelle que la qualification de contrat de travail suppose un lien de subordination effectif 1.
Pour écarter toute subordination juridique, le juge relève que le chercheur était :
- président de la société ;
- actionnaire majoritaire ;
- signataire de son propre contrat de travail pour le compte de la société ;
- sans comité scientifique disposant d’un pouvoir de sanction à son encontre.
La cour a donc annulé le bénéfice du doublement. Ce commentaire ne rapporte pas sa position sur l’élargissement de l’assiette.
- Contrat de travail à durée indéterminée
- Effectif de recherche au moins égal à celui de l’année précédente
- Président de la société
- Actionnaire majoritaire
- Signataire de son propre contrat
- Comité scientifique sans pouvoir de sanction
Trois blocs résument l’affaire : les deux conditions du doublement des dépenses de personnel, les montants du CIR 2020 de la SAS E et les quatre éléments qui excluent la subordination du dirigeant.
Source : Décision de la cour administrative d’appel commentée ; article 244 quater B du CGI
Ce qu’un dirigeant actionnaire majoritaire doit en retenir
Le doublement du CIR jeune docteur exigeait un CDI, lequel suppose un lien de subordination. Le président et actionnaire majoritaire d’une SAS qui s’auto-recrute comme directeur de recherche ne satisfait pas cette condition, même s’il exerce réellement des activités de recherche.
L’absence de pouvoir de sanction d’un comité scientifique ne suffit pas à caractériser la subordination.
Pour aller plus loin
Le CIR se joue aussi sur les preuves. Notre article sur les tableaux d’heures établis par l’entreprise montre comment la cour administrative d’appel de Versailles les a écartés comme justificatifs.
Une autre condition de fond peut faire tomber le crédit : voyez le savoir-faire non breveté, qui ne donne pas droit au CIR par ses amortissements.
Sécuriser votre crédit d’impôt
Vous dirigez une société qui réalise de la recherche et vous voulez sécuriser votre crédit d’impôt ? Les ingénieurs patrimoniaux PRIVEOS étudient votre situation avec vos conseils. Prenez rendez-vous pour un premier échange.
Mise à jour du 16 février 2026 : l’article 55 de la loi de finances pour 2025 a supprimé le doublement d’assiette pour les jeunes docteurs, en supprimant la seconde phrase du b du II de l’article 244 quater B du CGI [5].
Information à caractère général. Toute mise en œuvre nécessite une analyse personnalisée par un ingénieur patrimonial.
Les éléments fiscaux mentionnés sont ceux en vigueur à la date de rédaction et susceptibles d’évolution.
Article rédigé le 16 février 2026.
Questions fréquentes
Qu’est-ce que le CIR jeune docteur ?
Le CIR jeune docteur prenait en compte pour le double les dépenses de personnel d’un titulaire d’un doctorat pendant les vingt-quatre premiers mois suivant son premier recrutement. Il exigeait un CDI et un effectif de recherche non inférieur à celui de l’année précédente. L’article 55 de la loi de finances pour 2025 l’a supprimé.
Un dirigeant actionnaire majoritaire peut-il être jeune docteur au titre du CIR ?
Pas dans l’affaire jugée. Le doublement exige un CDI, donc un lien de subordination. La cour administrative d’appel a écarté la subordination d’un président actionnaire majoritaire qui avait signé son propre contrat de travail pour la société, même s’il exerçait réellement des activités de recherche.
Quelles sont les conditions du doublement des dépenses de jeunes docteurs ?
Deux conditions cumulatives s’appliquaient : un contrat de travail à durée indéterminée et un effectif de personnel de recherche salarié au moins égal à celui de l’année précédente. Le doctorat devait être au sens de l’article L. 612-7 du code de l’éducation, et le doublement durait vingt-quatre mois.
Un comité scientifique suffit-il à prouver la subordination du dirigeant-chercheur ?
Non. La cour a relevé que le comité scientifique n’avait aucun pouvoir de sanction à l’encontre du chercheur, qui était président, actionnaire majoritaire et signataire de son propre contrat. L’absence de pouvoir de sanction d’un comité ne suffit pas à caractériser la subordination juridique.
Sources
- 1.Décision de la cour administrative d’appel sur le doublement « jeunes docteurs » du CIR (référence à confirmer), Cour administrative d’appel, février 2026
- 2.Article 244 quater B du code général des impôts, Légifrance, version du 1er janvier 2023
- 3.Article L. 612-7 du code de l’éducation, Légifrance
- 4.BOI-BIC-RICI-10-10-20-20, dépenses de recherche : dépenses de personnel, BOFiP-Impôts
- 5.Loi de finances pour 2025, article 55, Légifrance, 2025
Rédigé par
Luc Thilliez
Ingénieur patrimonial, fondateur de PRIVEOS
Luc Thilliez accompagne chefs d’entreprise, cadres dirigeants et familles dans l’organisation de leur patrimoine : fiscalité, régimes matrimoniaux, transmission, patrimoine du dirigeant et situations internationales.
Fondateur de PRIVEOS, cabinet indépendant d’ingénierie patrimoniale rémunéré exclusivement par honoraires, il réunit plus de vingt ans d’expérience entre conseil patrimonial et développement d’entreprises.
Il est l’auteur de Tout savoir sur la SCI (Éditions Vuibert, 2026) et intervient dans les médias, du Figaro Immobilier aux podcasts Les Investisseurs 4.0 et Les Financiers.
PRIVEOS est immatriculé à l’ORIAS sous le n° 23004036 et adhérent de l’ANACOFI sous le n° E0104466.
Votre patrimoine mérite une vision.
Un premier entretien de 60 minutes pour appréhender votre situation et déterminer si une étude patrimoniale répond à vos enjeux.
