Justificatifs du CIR : tableaux d’heures maison et clé salariale ne suffisent pas

Les justificatifs du CIR restent un terrain de contentieux nourri entre les entreprises et l’administration fiscale. Le 9 septembre 2026, la cour administrative d’appel de Versailles a rappelé que des tableaux d’heures maison et une clé de répartition salariale ne prouvent pas l’affectation à la recherche.

Pour le juge de l’impôt, une méthode d’évaluation forfaitaire ou une documentation établie par l’entreprise elle-même ne remplace pas des preuves matérielles des travaux. C’est ce que confirme cette décision sur le crédit d’impôt recherche (CIR) d’une société au titre de 2021 ¹.

Ce qu’a jugé la cour administrative d’appel de Versailles

Par une ordonnance du 9 septembre 2026 (n° 25VE02368), la première vice-présidente de la cour a rejeté l’appel d’une société ¹. Celle-ci contestait un jugement du tribunal administratif de Versailles du 27 mai 2025, qui avait refusé le remboursement de CIR demandé.

La décision a été prise par ordonnance, sans audience collégiale. L’article R. 222-1 du code de justice administrative le permet pour les requêtes d’appel « manifestement dépourvues de fondement » ¹.

La société conçoit, produit et commercialise des solutions de stockage et de manutention. Les montants en jeu se présentent ainsi ¹ :

• CIR déclaré au titre de l’année 2021 : 222 428 € ;
• remboursement demandé : 173 985 € ;
• remboursement accepté par l’administration le 7 février 2023 : 32 791 € ;
• montant refusé, objet du litige : 141 194 €.

Deux motifs de rejet

Le juge a refusé d’intégrer dans la base éligible des dépenses de personnel justifiées par de simples tableaux déclaratifs. Il exigeait des preuves matérielles de la participation des salariés à la recherche.

Il a aussi écarté les dotations aux amortissements calculées avec un prorata global fondé sur la masse salariale. L’ordonnance réaffirme ainsi l’obligation, pour l’entreprise, d’apporter une justification précise, individualisée et documentée de chaque dépense retenue.

Justificatifs du CIR pour les dépenses de personnel

L’article 244 quater B du code général des impôts vise les chercheurs et techniciens de recherche. Leurs dépenses de personnel comptent s’ils sont « directement et exclusivement affectés » aux opérations de recherche ^{1 2}.

La société soutenait que 17 salariés avaient pris part à son projet de recherche de 2021. Parmi eux figuraient notamment :

• une directrice des approvisionnements et des services généraux ;
• des caristes, préparateurs de commandes et un magasinier ;
• des chargés d’affaires et une assistante commerciale ;
• des responsables commerciaux d’agence et un responsable logistique ;
• la directrice administrative et financière.

Des tableaux d’heures établis par la société

Pour le prouver, la société a produit les bulletins de paie, les curriculum vitae et les diplômes de ces personnes. Elle a joint des tableaux, établis par ses soins, qui détaillaient les heures consacrées par chacun à la levée des verrous scientifiques et techniques du projet ¹.

Elle décrivait aussi, de façon peu circonstanciée selon la cour, les tâches confiées à chacun. Aucun justificatif du travail effectué n’était fourni ¹.

Les justificatifs du CIR que la cour attendait

La cour cite des exemples de pièces qui manquaient ¹ :

• les échanges de ces salariés avec les chercheurs ;
• les réunions auxquelles ils ont assisté ;
• les comptes rendus des tests qu’ils ont réalisés.

Ces pièces comptaient d’autant plus que ces salariés exercent à titre principal des fonctions commerciales ou techniques. La cour relève que l’entreprise est seule en mesure de produire ces éléments ¹.

La société faisait valoir que l’administration avait admis, pour 2020, les dépenses de certains de ces salariés. Pour la cour, cette circonstance est sans incidence : chaque année se justifie pour elle-même ¹.

La doctrine administrative va dans le même sens. Le salaire d’une personne affectée en partie à la recherche n’est retenu qu’au prorata du temps réellement consacré, « toute détermination forfaitaire étant exclue » ³.

Amortissements à usage mixte : la clé salariale de 23 % rejetée

Le même article 244 quater B retient les dotations aux amortissements des immobilisations affectées directement à des opérations de recherche scientifique et technique ^{1 2}.

Certaines immobilisations de la société servaient à la fois à la recherche et à ses autres activités. Pour ces biens à usage mixte, elle a calculé un ratio d’utilisation. Ce ratio rapportait sa masse salariale affectée à la recherche à sa masse salariale totale, soit 23 % ¹.

Elle a appliqué ce taux de manière uniforme à toutes ses immobilisations utilisées de façon mixte. Comme seule pièce, elle a produit la liste des immobilisations et des amortissements de l’exercice clos en 2021 ¹.

Pour la cour, rien n’établissait la réalité de l’affectation de chaque bien à la recherche, ni l’ampleur de cette affectation ¹.

Une clé de répartition qui ne mesure pas l’usage du bien

L’administration admet un prorata pour un bien à usage mixte. Il se calcule sur le temps effectif d’utilisation du bien pour la recherche, que l’entreprise doit pouvoir déterminer avec précision ⁴.

La même cour avait déjà jugé, le 3 février 2026, qu’un prorata calqué sur les heures de travail des chercheurs n’atteste pas l’affectation directe des équipements. Faute de lien démontré entre ces heures et la durée d’utilisation des biens, la clé a été écartée (n° 23VE01372) ⁵.

Ce que le rejet coûte au-delà des dépenses écartées

Le CIR comprend aussi des dépenses de fonctionnement évaluées de façon forfaitaire. Pour les dépenses exposées en 2021, elles valaient 75 % des dotations aux amortissements retenues et 43 % des dépenses de personnel retenues ⁶.

Des justificatifs du CIR insuffisants coûtent donc plus que la dépense écartée : la part de forfait qui s’y rattache tombe aussi. Pour les dépenses exposées depuis le 15 février 2025, le taux applicable aux dépenses de personnel est de 40 % ⁷.

Le taux du crédit lui-même est de 30 % des dépenses de recherche jusqu’à 100 millions d’euros, et de 5 % au-delà ^{1 2}.

Comment préparer ses justificatifs du CIR

La décision indique en creux les pièces qui auraient pu emporter la conviction du juge. Avant un contrôle fiscal du CIR, il est utile de rassembler :

• pour chaque salarié retenu, le lien entre ses tâches et les verrous scientifiques et techniques du projet ;
• les traces de sa participation : échanges avec les chercheurs, convocations et comptes rendus de réunions, comptes rendus de tests ;
• un suivi du temps passé, par personne et par projet, appuyé sur ces pièces plutôt que présenté seul ;
• pour chaque immobilisation à usage mixte, la preuve de son affectation à la recherche et une mesure de son temps d’utilisation.

Un tableau de suivi des heures, souvent appelé feuilles de temps, reste utile. L’ordonnance montre seulement qu’il ne suffit pas sans pièces qui en confirment le contenu ¹.

Pour les profils dont le métier principal n’est pas la recherche, le dossier doit être plus fourni encore. C’est le cas ici des fonctions commerciales, logistiques ou administratives ¹.

La preuve, une charge qui pèse sur l’entreprise

Dans d’autres contentieux récents, le juge admet des preuves autres que la comptabilité. Des clauses claires suffisent ainsi pour déduire la TVA sur des frais de cession de titres. La réalité d’un transfert se prouve aussi par tout moyen pour un passif dont la créance a été cédée sans signification.

Les crédits d’impôt voisins du CIR obéissent eux aussi à des conditions strictes. Le crédit d’impôt collection, refusé en cas de sous-traitance intégrale, en donne un exemple.

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Information à caractère général. Toute mise en œuvre nécessite une analyse personnalisée par un ingénieur patrimonial. Les éléments fiscaux mentionnés sont ceux en vigueur à la date de rédaction et susceptibles d’évolution. Article mis à jour le 11 septembre 2026.