Taxe sur les salaires et subventions : à 37 % du chiffre d’affaires, elles ne sont pas « exceptionnelles »

Taxe sur les salaires et subventions : des aides publiques qui dépassent le tiers du chiffre d’affaires ne sont pas « exceptionnelles » ¹. Pour la cour administrative d’appel de Toulouse, une société de R&D qui les perçoit les utilise comme un financement régulier et habituel.

La décision intéresse toute entreprise de R&D qui fonctionnent de manière significative grâce à des financements publics.

Taxe sur les salaires : qui la paie, et sur quelle base

La taxe sur les salaires est prévue à l’article 231 du CGI ². Elle est due par les employeurs qui ne sont pas assujettis à la TVA. Elle l’est aussi lorsqu’ils ne l’ont pas été sur 90 % au moins de leur chiffre d’affaires de l’année précédente.

Beaucoup d’entreprises de R&D sont des assujettis partiels à la TVA. Elles perçoivent à la fois des recettes soumises à la TVA et des subventions situées hors de son champ.

Pour elles, l’assiette s’obtient en appliquant au montant total des rémunérations versées un « rapport d’assujettissement ».

Le rapport d’assujettissement

Au numérateur, on place le chiffre d’affaires qui n’a pas ouvert droit à déduction de la TVA : les recettes exonérées ou hors champ. Au dénominateur, on place le chiffre d’affaires total, qui inclut l’ensemble des « recettes et autres produits ».

Pourquoi les subventions augmentent la taxe sur les salaires

L’enjeu est important pour les entreprises subventionnées. Si les subventions hors champ de TVA entrent au numérateur, le rapport augmente et la part des rémunérations soumise à la taxe sur les salaires aussi.

À l’inverse, si on les exclut, le rapport diminue, et l’assiette taxable avec lui.

Taxe sur les salaires et subventions exceptionnelles : ce que dit la doctrine

La doctrine administrative du BOFiP admet que deux types d’aides soient écartés du rapport d’assujettissement : les subventions à caractère exceptionnel et les subventions d’équipement ³.

La notion de subvention exceptionnelle s’apprécie chez le bénéficiaire. Elle ne dépend pas du traitement comptable appliqué à l’aide. Son versement peut être échelonné.

Elle suppose trois conditions cumulatives. L’aide doit être :

• non répétitive ;
• destinée à financer une dépense précise, à soutenir une opération particulière ou à faire face à un événement particulier ;
• d’un montant accessoire au regard des recettes normales de l’entreprise.

La doctrine cite notamment les aides à l’emploi et les aides forfaitaires pour le développement de la recherche ou de l’innovation.

Les faits : une société de R&D en santé, deux années, trois financeurs

La société K est une SAS. Elle exerce une activité de R&D dans le domaine de la santé et de la médecine personnalisée.

• Au titre de 2017 et de 2018, elle a perçu des subventions de trois origines : la caisse d’assurance retraite et de la santé au travail (CARSAT), le fonds européen de développement régional (FEDER) et l’entreprise Sanofi.
• Ces subventions, hors du champ de la TVA, ont représenté 37,07 % et 37,45 % de son chiffre d’affaires les années de leur perception, respectivement en 2017 et en 2018.
• L’administration fiscale les a incluses dans le rapport d’assujettissement. Elle a donc réclamé des rappels de taxe sur les salaires pour 2017 et 2018.

La société a contesté ces rappels devant le tribunal administratif de Montpellier. Il a rejeté sa demande par un jugement du 22 avril 2024. Elle a fait appel devant la cour administrative d’appel de Toulouse.

Les arguments de la société

La société K avançait cinq arguments.

• Les subventions ne provenant pas directement de son activité, elles n’entrent pas dans les « recettes et autres produits » de l’article 231 du CGI. Elles ne devaient donc pas figurer dans le rapport.
• Elles étaient exceptionnelles au sens du BOFiP, parce qu’une aide à la recherche et à l’innovation l’est par nature.
• Les réponses ministérielles publiées les 9 juillet 2019 et 12 mars 2024, relatives au statut de jeune entreprise innovante (JEI), lui étaient applicables.
• À titre subsidiaire, le caractère exceptionnel devait s’apprécier subvention par subvention, et chacune respectait, prise seule, le critère de l’accessoire au regard du chiffre d’affaires.
• Les subventions FEDER devaient être exclues du rapport, selon une réponse ministérielle du 8 janvier 1996 relative aux subventions européennes.

Taxe sur les salaires et subventions : les quatre arguments écartés par la cour

La cour administrative d’appel de Toulouse rejette la requête de la société K ¹.

L’article 231 du CGI : l’origine des subventions n’a pas d’importance

Pour la cour, il est inopérant que les subventions ne proviennent pas directement de l’activité commerciale intrinsèque de la société. Elles sont perçues hors du champ de la TVA. La loi fiscale commande alors de les inscrire au numérateur du rapport d’assujettissement.

La doctrine du BOFiP : une appréciation globale

La doctrine administrative ne prévoit pas que le caractère exceptionnel s’apprécie subvention par subvention. Elle retient au contraire une approche globale.

La cour constate que les subventions ont représenté 37,07 % et 37,45 % du chiffre d’affaires. Un tel niveau montre qu’une part significative de l’activité est effectuée grâce à elles. Elles constituent dès lors un mode de financement régulier et habituel.

Le critère de l’accessoire au regard des recettes normales n’est donc pas satisfait.

Les réponses ministérielles de 2019 et 2024 sur les JEI

La société perçoit un chiffre d’affaires et des aides répétées. Elle ne relève pas de la catégorie des JEI. Elle n’entre donc pas dans les prévisions de ces réponses.

La réponse ministérielle de 1996 sur le FEDER

Cette réponse n’a pas été reprise lors de la création de la base BOFiP en septembre 2012. Or l’instruction créant le BOFiP a expressément rapporté toute la doctrine antérieure non reprise.

Le contribuable ne pouvait donc pas s’en prévaloir pour des années d’imposition postérieures à 2012.

Subventions et taxe sur les salaires : ce qu’il faut retenir

En matière de taxe sur les salaires et subventions, le caractère exceptionnel s’apprécie globalement, non subvention par subvention. La doctrine BOI-TPS-TS-20-30 ne prévoit pas d’appréciation individualisée.

C’est le montant total des subventions rapporté au chiffre d’affaires qui détermine si elles constituent un mode de financement régulier ou exceptionnel.

Les points à passer en revue dans votre entreprise

• la part des subventions hors champ de TVA dans le chiffre d’affaires de chaque année ;
• le caractère répétitif ou ponctuel de chaque aide, et ce qu’elle finance ;
• le rapport d’assujettissement, avec et sans les subventions ;
• le statut de votre entreprise, notamment au regard des JEI.

Le traitement des aides publiques revient souvent devant le juge. Nous l’avons montré pour le prêt Bpifrance et la subvention à déduire du CIR. La taxe sur les salaires a aussi ses règles de preuve, par exemple pour la rémunération du dirigeant d’une holding.

Les ingénieurs patrimoniaux PRIVEOS examinent avec vous le rapport d’assujettissement de votre entreprise et le poids de ses subventions. Prenez rendez-vous pour un premier échange.

Information à caractère général. Toute mise en œuvre nécessite une analyse personnalisée par un ingénieur patrimonial.

Les éléments fiscaux mentionnés sont ceux en vigueur à la date de rédaction et susceptibles d’évolution. Article du 18 février 2026.