Statut PME et crédit d’impôt innovation : perdu dès la seconde année de dépassement

Le statut PME conditionne l’accès au crédit d’impôt innovation (CII). La cour administrative d’appel de Paris vient de rappeler comment ce statut se perd quand une société est rachetée par un grand groupe ⁴.

Elle applique la règle des deux exercices consécutifs du règlement européen qui définit la PME. Le statut disparaît dès la seconde année de dépassement des seuils.

Le crédit d’impôt innovation, réservé aux PME

Le crédit d’impôt innovation a été créé par la loi de finances pour 2013. Il figure au k du II de l’article 244 quater B du code général des impôts ¹.

C’est une déclinaison du crédit d’impôt recherche (CIR). Il vise les dépenses d’innovation engagées par les PME pour concevoir des prototypes ou des installations pilotes de produits nouveaux.

Les dépenses retenues pour le calcul du crédit sont prises en compte dans la limite de 400 000 € par an ¹.

L’article 56 de la loi de finances pour 2025 a abaissé le taux du CII de 30 % à 20 %. Le même texte a prorogé le dispositif jusqu’au 31 décembre 2027 ².

Une différence avec le CIR

Le CII se distingue du CIR de droit commun par un point essentiel : il est strictement réservé aux PME au sens européen. Le CIR, lui, bénéficie aux entreprises de toute taille.

La qualité de PME est donc une condition d’éligibilité au CII. C’est elle qui était au cœur du litige.

Quels sont les critères de la PME au sens européen ?

La définition de la PME figure à l’annexe I du règlement (UE) n° 651/2014, appelé règlement général d’exemption par catégorie (RGEC) ³. L’article 2 de cette annexe retient deux critères cumulatifs :

• un effectif inférieur à 250 personnes ;
• un chiffre d’affaires annuel qui n’excède pas 50 M€, ou un total du bilan annuel qui n’excède pas 43 M€.

Les litiges portent moins sur ces seuils que sur la façon de les apprécier. Deux règles de l’annexe I sont alors décisives.

La règle des deux exercices consécutifs

L’article 4 de l’annexe I pose la règle dite « des deux exercices consécutifs » ³.

Un dépassement des seuils ne fait perdre la qualité de PME que s’il se produit sur deux exercices comptables consécutifs. Il en va de même, en sens inverse, d’un retour sous les seuils, qui ne fait acquérir cette qualité qu’après deux exercices.

Entreprises autonomes, partenaires ou liées

L’article 3 de l’annexe I distingue trois catégories d’entreprises selon leur degré d’autonomie ³ :

• les entreprises autonomes, sans lien significatif avec d’autres entreprises ;
• les entreprises partenaires, lorsque la participation se situe entre 25 % et 50 % ;
• les entreprises liées, lorsque la détention dépasse 50 % ou qu’un contrôle effectif équivalent existe.

Prise isolément, une société peut sembler remplir sans difficulté les conditions de la PME, avec un effectif faible et un chiffre d’affaires modeste.

Elle perd pourtant cette qualité si elle appartient à un ensemble plus vaste d’entreprises liées dont les données consolidées dépassent les seuils européens.

Les faits : une société de vidéo intégrée à un groupe de presse

La SAS S exerçait une activité d’édition et de distribution de vidéos. Le 2 mai 2021, elle a demandé le remboursement immédiat de sa créance de CIR et de CII au titre de 2020. Le montant total atteignait 164 502 € :

• 129 148 € au titre du CIR ;
• 35 354 € au titre du CII.

L’administration a rejeté cette demande par une décision du 24 septembre 2021.

Une chaîne de participations jusqu’au groupe Ouest-France

Depuis 2019, la SAS S est détenue à 68,70 % par la société M. La chaîne de détention remonte ensuite ainsi :

• la société M est entièrement détenue par la SAS I ;
• la SAS I est elle-même détenue à 100 % par la SAS ST ;
• 99,99 % du capital de la SAS ST appartient à l’association SP ;
• l’association SP est au sommet du groupe et contrôle notamment la société Ouest-France à hauteur de 99,99 %.

Depuis 2019, la SAS S appartenait donc à un groupe de médias de grande taille, présent dans la presse régionale, l’édition et la communication.

Les données consolidées de ce groupe dépassaient les seuils européens. La société elle-même reconnaissait un dépassement à compter de 2019.

Cette cascade de participations range la SAS S parmi les « entreprises liées » de l’article 3 de l’annexe I. Les seuils d’effectif et les seuils financiers s’apprécient donc au niveau du groupe.

Du tribunal administratif à la cour administrative d’appel

Le tribunal administratif de Montreuil a rejeté la demande de la société par un jugement du 17 octobre 2024. La société a fait appel devant la cour administrative d’appel de Paris.

En cours d’instance, l’administration a prononcé le dégrèvement et le remboursement de toutes les sommes en litige, soit 164 502 €. Ce montant comprenait 129 148 € de CIR et 35 354 € de CII.

Le ministre a toutefois annoncé son intention de récupérer les 35 354 € du CII, qu’il estimait avoir remboursés à tort.

Statut PME : deux lectures de la règle des deux exercices

La SAS S invoquait l’article 4 de l’annexe I. Selon elle, les seuils n’étaient dépassés que depuis 2019, et elle devait donc garder le statut de PME pour l’exercice 2020.

L’administration fiscale soutenait l’inverse. Pour elle, le dépassement constaté en 2019 et confirmé en 2020 faisait perdre le statut dès ce second exercice.

La décision : le statut PME est perdu dès la seconde année

La cour administrative d’appel de Paris a rejeté l’appel de la SAS S ⁴.

Elle confirme la règle. Une entreprise qui ne répond plus à la définition de la PME pour la seconde année consécutive perd, pour cette même année, les dispositifs réservés aux PME.

En 2020, la SAS S cumulait deux exercices de dépassement des seuils, du fait de son lien avec le groupe Ouest-France. Son droit au CII, strictement réservé aux PME, a donc pris fin au titre de l’année 2020.

Ce que cela change pour une jeune société innovante rachetée

Pour les jeunes sociétés innovantes, au sens large, qui font l’objet d’un rachat, le sursis de deux ans est un mécanisme de lissage. Il prend fin dès que le dépassement se produit pour la deuxième fois.

Autrement dit, une société intégrée en année N à un groupe qui n’est pas une PME perd ses avantages fiscaux propres aux PME dès l’année N+1. Il suffit que le dépassement des seuils se confirme cette année-là.

La règle des deux exercices consécutifs n’opère donc pas comme un délai de grâce. La perte du statut PME intervient à compter de la seconde année consécutive de dépassement, et non à l’issue de celle-ci.

Ce calendrier compte pour le dirigeant qui cède sa société innovante à un groupe, comme pour le repreneur. Le crédit d’impôt innovation de l’année qui suit le rachat ne peut pas être tenu pour acquis.

Pour aller plus loin

Le crédit d’impôt innovation pose aussi la question des opérations éligibles. Lisez notre article sur l’intégration d’un progiciel existant, que le juge ne tient pas pour une innovation.

La taille de l’entreprise compte également pour le remboursement immédiat du crédit d’impôt recherche réservé aux PME. Voyez enfin notre analyse sur les amortissements de prototypes retenus dans le CIR.

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Les éléments fiscaux mentionnés sont ceux en vigueur à la date de rédaction et susceptibles d’évolution.

Article rédigé le 13 mai 2026.