PLF 2026 agriculture, CIR et JEI : les amendements adoptés

Le PLF 2026 agriculture, innovation et fiscalité locale a occupé l’Assemblée nationale le 14 novembre 2025. Les députés ont adopté en séance publique une série d’amendements qui redessinent plusieurs dispositifs fiscaux.

Les débats ont cherché à cibler les soutiens à l’innovation et à répondre aux enjeux de transmission du secteur agricole. Le crédit d’impôt recherche (CIR) est ajusté, avec le retour du dispositif « Jeune docteur », et plusieurs crédits d’impôt stratégiques sont prorogés.

Le statut de jeune entreprise innovante (JEI) fait l’objet d’un compromis. Ses exonérations d’impôts locaux sont prolongées, celle sur les bénéfices est supprimée.

Un paquet de mesures concerne aussi le monde agricole : aléas climatiques, simplification des régimes, transmission des exploitations. Plusieurs amendements ont été adoptés malgré l’avis défavorable du Gouvernement.

PLF 2026 agriculture, CIR, JEI : le récapitulatif des amendements

Voici le récapitulatif des principaux amendements et sous-amendements adoptés, avec leur numéro et, quand il est connu, l’avis du Gouvernement.

Crédit d’impôt recherche : le retour du dispositif « Jeune docteur »

Un dispositif rétabli

L’amendement n° I-2239 rétablit le dispositif « Jeune docteur », supprimé dans la loi de finances pour 2025. Il favorise l’embauche en CDI de titulaires d’un doctorat.

Il fixe la prise en compte de leurs dépenses de personnel à 90 % de leur montant pendant les 24 premiers mois.

Un taux relevé de 90 % à 230 %

Le sous-amendement n° I-3996 modifie l’amendement n° I-2239. Il relève très nettement le taux de prise en compte des dépenses pour les jeunes docteurs, de 90 % à 230 %.

Cette mesure s’appliquera aux dépenses engagées dès le 1er janvier 2026.

Ces deux textes sont analysés dans notre article CIR jeune docteur : le PLF 2026 vise un retour, à un taux moindre.

CIR : intelligence artificielle, plateformes et conditionnalité

Trois autres amendements touchent le champ et les conditions du CIR :

• Intelligence artificielle (n° I-2235, avis défavorable du Gouvernement) : l’amendement vise à soutenir l’écosystème français de l’IA. Il intègre dans l’assiette du CIR les dépenses en moteurs de calcul GPU et CPU ¹.
• Plateformes d’intermédiation (n° I-2576) : sont exclues du CIR les dépenses versées à des plateformes numériques qui se bornent à mettre en relation des entreprises et des chercheurs, sans participer directement aux opérations de R&D.
• Conditionnalité (n° I-2947, avis défavorable du Gouvernement) : le bénéfice du CIR dépend du maintien des activités et de l’emploi en France.

Avec l’amendement n° I-2947, l’entreprise devra rembourser le crédit d’impôt perçu si, dans les 10 ans, elle transfère à l’étranger les activités de recherche ou de production liées. Il en va de même en cas de cessation d’activité ou de licenciement de plus d’un tiers des effectifs en France.

Prorogation du CICo, du CIIC et du C3IV

Crédit d’impôt collaboration de recherche (CICo)

L’article 69 de la loi de finances pour 2022 a instauré un crédit d’impôt. Les entreprises visées concluent des contrats de collaboration avec des organismes de recherche et de diffusion des connaissances (ORDC), à compter du 1er janvier 2022. Elles financent les dépenses de recherche de ces organismes.

Ce crédit d’impôt est codifié à l’article 244 quater B bis du CGI. L’amendement n° I-1880 le prolonge de trois ans, jusqu’au 31 décembre 2028 ².

Il a reçu un avis favorable du Gouvernement et du rapporteur.

Crédit d’impôt pour les investissements en Corse (CIIC)

L’amendement n° I-226 proroge le CIIC jusqu’au 31 décembre 2030 ³. Le Gouvernement s’en est remis à la sagesse de l’Assemblée, le rapporteur a donné un avis favorable.

Un autre texte, le n° I-234, aménage ce crédit d’impôt. Il étend son bénéfice aux très petites entreprises de moins de 11 salariés qui cherchent à se développer en augmentant leur effectif ⁴. Le Gouvernement y est défavorable.

Crédit d’impôt industrie verte (C3IV)

Le crédit d’impôt industrie verte (C3IV) est prolongé de trois ans, jusqu’au 31 décembre 2028, par l’amendement n° I-3598 ⁵. Le Gouvernement a donné un avis favorable.

Ce crédit d’impôt a été créé par l’article 35 de la loi n° 2023-1322 du 29 décembre 2023 de finances pour 2024.

Jeune entreprise innovante : des exonérations locales prorogées

L’amendement n° I-1881 et le sous-amendement n° I-3997 prorogent une partie seulement du régime de la jeune entreprise innovante. Le Gouvernement a donné un avis favorable ⁶.

Une proposition initiale large

L’amendement n° I-1881 visait à proroger l’ensemble du régime d’exonération fiscale des JEI jusqu’au 31 décembre 2028. L’échéance était fixée au 31 décembre 2025 pour certaines taxes et au 31 décembre 2023 pour une autre.

La proposition couvrait deux volets :

• les exonérations d’impôts locaux, visées aux articles 1383 D et 1466 D du CGI ;
• l’exonération d’impôt sur les bénéfices, visée par la loi de finances pour 2004.

Un sous-amendement qui restreint la portée

Le sous-amendement n° I-3997 supprime la prorogation de l’exonération d’impôt sur les bénéfices ⁷. Il conserve celle des exonérations d’impôts locaux.

Le résultat adopté

L’amendement n° I-1881, ainsi sous-amendé, ne prolonge qu’une partie du dispositif :

• adoptée : la prorogation des exonérations d’impôts locaux, comme la taxe foncière et la cotisation foncière des entreprises, jusqu’au 31 décembre 2028 ;
• supprimée : la prorogation de l’exonération d’impôt sur les bénéfices.

PLF 2026 agriculture : fiscalité et régimes agricoles

Réel simplifié et aléas climatiques

Les amendements identiques n° I-117 et I-372 relèvent le plafond du régime réel simplifié en agriculture de 391 000 € à 500 000 € ⁸. L’objectif est de l’adapter à l’évolution du chiffre d’affaires des exploitations et de permettre une comptabilité allégée.

L’amendement n° I-2333 élargit le dispositif de l’article 72 B, qui permet de rattacher les indemnités pour pertes de récolte dues aux aléas climatiques ⁹. Il couvre tout type d’indemnité, pas seulement celles des assurances.

Il joue même si la perte précède l’indemnisation. Il devient optionnel, « sur choix du contribuable ».

Crises sanitaires et indemnités d’abattage

Les amendements n° I-652 (rectifié) et n° I-711 exonèrent d’impôt les indemnités versées par l’État aux éleveurs lors de crises sanitaires, comme la grippe aviaire ou la tuberculose bovine. Ils incluent la « valeur bouchère des animaux abattus » dans les montants exemptés. Ils lèvent aussi la condition de renouvellement du cheptel.

Une série d’amendements identiques complète l’exonération fiscale créée par l’article 10 du PLF pour les indemnités d’abattage d’animaux reproducteurs lors de crises sanitaires. Il s’agit des amendements n° I-109, I-184, I-270, I-394, I-708, I-1150, I-2278 et I-2684 ¹⁰.

Ils ajoutent une exonération sociale : ces sommes échappent aussi aux contributions sociales (CSG et CRDS).

Blocage des stocks, DEP et moyenne triennale

Les amendements n° I-119, I-683, I-1726 et I-2801 permettent de cumuler le « blocage des stocks » à rotation lente (article 72 B bis) avec deux autres régimes ¹¹. Ces régimes sont la moyenne triennale (article 75-0 B) et l’étalement des revenus exceptionnels (article 75-0 A).

Ces amendements visent notamment les viticulteurs. Pour y parvenir, ils suppriment l’alinéa qui prévoyait cette incompatibilité.

Les amendements n° I-295, I-1631, I-1720, I-1810 et I-3572 relèvent le plafond pluriannuel de la déduction pour épargne de précaution (DEP) de 150 000 € à 250 000 € ¹².

Les amendements n° I-293 et I-3571 étendent l’exonération partielle de 30 %, applicable lors de la reprise de la DEP, aux indemnisations pour sinistres sanitaires, maladies animales ou végétales ¹³. Elle vaut pour les indemnisations versées par d’autres organismes que le FMSE, comme FranceAgriMer ou l’État directement. Elles doivent s’inscrire dans un programme national ou européen.

Moyenne triennale et cessation partielle

Les amendements n° I-118 et I-186 corrigent une « injustice fiscale » pour les agriculteurs qui ont opté pour la moyenne triennale ¹⁴. En cas de cessation d’une seule de leurs activités, ils évitent une imposition au taux marginal sur l’excédent de bénéfice, qui pouvait entraîner une double taxation.

La condition : continuer à percevoir d’autres bénéfices agricoles.

PLF 2026 agriculture : transmission, installation et foncier

Donation et apport en société : les baux à long terme

Selon les auteurs des amendements, l’héritage intervient de plus en plus tard, souvent après 50 ans. Les héritiers sont alors déjà en âge de transmettre.

Deux séries d’amendements sur les baux à long terme portent sur l’exonération fiscale de l’article 793 bis.

Les amendements n° I-106, I-594, I-698, I-1856, I-2083, I-2805 et I-3597 permettent au bénéficiaire d’une donation avec cette exonération de faire une nouvelle donation à ses propres descendants ¹⁵. Il ne perd pas l’avantage fiscal initial si les nouveaux donataires reprennent l’engagement de conservation du bien. Le Gouvernement y est défavorable.

Apport en société

Les amendements n° I-107, I-595, I-700, I-1858, I-2059 et I-2797 adaptent le même dispositif à une agriculture souvent exercée en société ¹⁶. Le bénéficiaire de la donation peut apporter le bien à une société agricole (GFA, GAEC, EARL, SCEA) sans perdre l’exonération.

L’obligation de conservation est alors transférée sur les parts sociales reçues en échange. Le Gouvernement et le rapporteur y sont défavorables.

Jeunes agriculteurs : plus-values, crédit d’impôt et taxe foncière

Les amendements n° I-3302 et I-3651 corrigent une jurisprudence du Conseil d’État du 30 avril 2024 ¹⁷. Elle pénalisait les jeunes agriculteurs (JA) qui s’installent dans une société récente, de moins de 24 mois.

Ces amendements leur permettent de bénéficier de l’exonération des plus-values (article 151 septies) en neutralisant les plus-values générées avant leur installation. Le calcul de leur part repose sur la moyenne des chiffres d’affaires des deux exercices précédents, pondérée par leurs droits dans la société.

Les amendements n° I-275, I-1585 et I-3652 créent un crédit d’impôt pour inciter les agriculteurs à anticiper leur transmission ¹⁸. Il s’élève à 5 000 € et il est reconductible 5 ans.

Il est lié à l’inscription au Répertoire Départ Installation (RDI) et au recours à un accompagnement agréé. Le Gouvernement et le rapporteur y sont défavorables.

Taxe foncière des jeunes agriculteurs

Les amendements n° I-564 et I-636 remplacent l’exonération actuelle de taxe foncière sur les propriétés non bâties (TFNB) pour les JA, jugée inégalitaire selon les territoires. Ils instaurent à la place un dégrèvement national dégressif sur 5 ans :

• 100 % la première année ;
• 80 % la deuxième année ;
• 60 % la troisième année ;
• 40 % la quatrième année ;
• 30 % la cinquième année.

Cession de parts de SCEA

L’amendement n° I-778 vise à mettre fin à une pratique d’optimisation fiscale ¹⁹. Des SCEA, même non exploitantes, utilisaient un dispositif dérogatoire, le droit fixe de 125 €, pour des cessions immobilières de grande valeur (article 730 bis du CGI).

L’amendement réserve ce droit fixe aux cessions à une personne physique, exploitant, qui s’engage à conserver les parts 10 ans. La valeur de cession doit aussi rester sous 300 000 €.

PLF 2026 agriculture : environnement, remplacement et mécanisation

Crédit d’impôt HVE et gestion durable des haies

Les amendements n° I-114, I-355, I-681, I-697, I-744, I-851 et I-1105 prolongent pour l’année 2026 le crédit d’impôt « Haute Valeur Environnementale » (HVE) ²⁰. Il aide les agriculteurs à couvrir les coûts de cette certification, reconnue par les consommateurs.

L’objectif est d’accélérer l’engagement vers des pratiques durables.

Les amendements n° I-1076, I-2685 et I-2880 instaurent un nouveau crédit d’impôt pour la gestion durable des haies, pour les années 2026 à 2028 ²¹. Il atteint 60 % des dépenses engagées, plafonné à 4 500 € par an. Les dépenses visées sont la certification, les travaux et le matériel.

Crédit d’impôt pour remplacement

Les amendements n° I-999 et I-1000 améliorent le droit au repos des agriculteurs :

• n° I-999 : le dispositif est pérennisé, la date de fin de 2027 est supprimée. La prise en charge passe à 100 % pour les 17 premiers jours en cas de maladie, d’accident ou de formation, puis à 75 % pour les 7 jours suivants ;
• n° I-1000 : la condition qui limitait ce crédit d’impôt aux agriculteurs dont l’activité « requiert la présence sur l’exploitation chaque jour de l’année » est supprimée.

Mécanisation collective et horticulture

Les amendements n° I-1342 et I-3389 créent un crédit d’impôt de 7,5 % sur les charges de mécanisation collective facturées par la CUMA ²². Il est plafonné à 3 000 € par an.

Ils veulent encourager la mutualisation du matériel. Ils luttent aussi contre la surmécanisation individuelle, coûteuse.

En compensation, ils abaissent le seuil d’exonération des plus-values sur la vente de matériel individuel (article 151 septies).

L’amendement n° I-3721 vise à créer un crédit d’impôt pour les horticulteurs et maraîchers dont les installations de production, comme les serres, sont détruites par des aléas climatiques ²³. Le bénéfice est conditionné au réemploi de l’indemnité perçue pour reconstituer ces installations.

Ce qui reste à suivre

La discussion du PLF 2026 agriculture, comme celle du reste du texte, se poursuit. Un amendement adopté en séance n’est pas encore la loi : le texte définitif peut retenir, modifier ou écarter chacune de ces mesures.

Mise à jour du 9 novembre 2026 : la suite du PLF 2026 agriculture est décrite dans deux de nos articles :

• PLF 2026 : les mesures fiscales de la première partie adoptées au 49.3 ;
• Loi de finances pour 2026 : ce que retient le Conseil constitutionnel.

Les amendements adoptés le 15 janvier sont détaillés dans Amendements PLF 2026 : ce que les députés ont adopté le 15 janvier.

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Les éléments fiscaux mentionnés sont ceux en vigueur à la date de rédaction et susceptibles d’évolution.

Article rédigé le 14 novembre 2025.